我们对“高等研究”的理解是既立足于现存学科而又超越之。当今的社会科学各学科固然都是源自西方及其经验的舶来品，但它们已经积累了大量的理论和经验研究；在今天的全球化世界现实之下，中国学者和学生们必须了解并掌握其已有成果。在这方面，我们的观点和现存院系是基本一致的。
但我们还有更高要求。许多青年学子期望从自己选择的学科中找到唯一真理的理论；有的则因为不满于意识形态而摒弃理论，把自己限定于纯经验或技术性的研究。我们相信，理论是任何研究所不可或缺的部分，但世界上没有能够垄断真理的理论，追求绝对真理只会使人陷入意识形态泥沼。高等研究的立意之一是把一切理论置于历史视野之中、采用多种理论视角，借助理论来提出问题而不是给予答案。
第一步是把理论历史化，了解多种理论传统。举例说，中国现今的“主流经济学”是新古典经济学，它在美国伴随新保守主义的兴起而得以在经济学界占据霸权地位，并随之而被中国学界引为最新、最好的理论。但是，从历史视野来看，新保守主义的霸权是比较短暂的，在1970年代以后方才兴起，而今天已在快速衰落。此前，占主流地位的是比较强调国家干预和社会福利的经济学，今后将再次如此。
在美国法学界中，根植于“法律形式主义”理论的保守主义同样在近三十年中成为主流。它和新古典经济学一样，把自己认作一门跨时空的绝对和普世的科学。但从历史视野观察，此前占据主流地位的是比较重视历史变迁和社会问题的法律实用主义和现实主义，今天它们已经再次迈向主流地位。
其实，美国的经济学和法学都不只包含单一的理论传统，而是由两个主流传统的长期拉锯和相互影响所组成。其中任何一个只能表达其历史整体的一个方面。美国经济本身同样不是单一理论的产物，而是市场主义和国家干预相互作用的结果。美国法律也一样，它是由形式主义和实用主义双方的立法所组成的。其它学科的理论也同样在近几十年中伴随意识形态潮流而变化。如此的理解可以帮助我们超越对单一理论和意识形态的信赖。
历史视野同时还告诉我们，在上述两大主流传统之外，还有多种非常值得我们注意的“另类”理论传统。马克思主义理论是一个例子。正因为它在西方一直是个在野而非当权的批判性传统，它比社会主义国家中的马克思主义理论更具灵活性和创新性。后现代主义也是一个例子。它在认识论上肯定有其偏激之处，但它对西方的现代主义和实证主义确实提出了极具启发性和影响力的挑战。此外，还有一系列介于“右”和“左”、新保守主义和马克思主义之间，可以称作“进步”或“中间”的经验和理论研究传统。“实体理论”便是新自由主义和马克思主义之间一个“第三选择”的例子。这些另类传统不仅深刻地批评了西方主流理论对西方社会过去和现在的看法，也提供了对其将来的另类设想，包括自由和民主社会主义，以及社会-民主和社区共同体的政治经济理想。所有这些都是我们寻找新理论视野的有用资源。
在众多的理论之中，我们该怎样做出抉择？我们认为，理论抉择最终应取决于中国过去和现在的经验。中国历史悠久而厚重，不能简单地以与西方现代文明对立的“原始”、“非理性”、或“传统”等西方理论范畴来理解；中国近代经历了被支配的半殖民地命运，不能简单地与占支配地位的西方等同起来加以理解；中国现代经历了社会主义的革命运动，不能简单地套用西方资本主义和自由民主政治来理解；中国当代从过去的计划经济——而不是“前工业”经济——转入今天的市场经济，不能简单地用市场主义或资本主义发展模式来理解。从西方理论来看，中国经验几乎完全是悖论的。正因为如此，如果能够深入研究和概括，中国经验/实践必定会对全人类的知识作出独特的贡献。
一条有效的进路是西方社会科学与中国历史的反复对话。社会科学具有众多理论模式，它们可以帮助我们形成新鲜而又符合中国实际的概念。但我们不应满足于把中国实际当作西方理论的测验场地，只简单地要求证明其正确性，抑或证明中国的独特性。我们需要的是根据中国经验来创建新的理论概念。创建新概念，也可以比较中西概念和思想以及在两者间进行对话。两者的对照可以帮助我们把双方历史化，避免把任何一方绝对化。两者的对话可以帮助我们超越双方而发现新的视角。
高等研究亦要求综合社会科学和历史学科的不同优点。社会科学把经验整体分成不同的独立部分，其优点是更加集中，更便于运用计量方法以及进行跨国比较。但历史学的整体视野能使我们看到文化、经济、社会、政治和法律间的相互关联，而不是任其分别独立。它特别有助于我们所关心的最大的问题：即不仅要推进个别学科，也要建立新的对中国文明整体的过去、现在和将来的理解。
在历史学科之内，有的学者提倡要维持中国史学长期以来文本考证和经验研究的优良传统。对此，我们非常同意。在后现代主义影响之下，西方的许多时髦史学研究抛弃了对经验研究应有的尊重，但中国史学在这方面所受影响不大。这是值得庆幸的事。我们要求做出扎实和新鲜的经验研究。
但这还不够。有的学者在本意上是纯粹的经验研究，但实际上则有意无意地受到意识形态的影响，过去是由封建主义到资本主义到社会主义的发展公式，今天则是市场主义和现代化主义公式。要超越那样的意识形态影响，我们必须熟悉多种社会科学理论并与之进行对话。那样，才有可能自觉地建立更符合中国实际的新概念。
有的历史学者采取一种对待博物馆珍藏品的态度来研究历史——一方面把历史看作使人骄傲的民族传统，但另一方面则把它当作与现实完全无关的领域。这种观点在中国法律史学界特别明显，研究者们大多认为真正的现代法律只可能来自西方，中国自己的传统法律不可能与今天的立法有具体关联。我们认为史学研究必须跳出这样的本土“东方主义”意识。过去和现在是相互关联的。要认识两者的关联，我们必须促使两者反复对话，以及经验和理论的相互作用。我们致力于从今天正面对的多种挑战——帝国主义、革命、改革、全球化、社会分化和中国崛起——来重新理解中国历史。这也是我们之所以采用“历史与社会高等研究”这一名称的理由所在。
国外高等研究中心——如普林斯顿和柏林的中心——的一般宗旨是立足现有学科，而又针对问题进行跨学科和跨国际研究。我们完全认同它们这样的高等研究传统。我们之与它们的不同则在于我们的使命意识与紧迫感：我们不像它们那样，把西方知识当然地视作全世界最先进的知识，而是要在一个世纪的从属经厉背景之下，追求自主的学术创新性。这里指的不仅是个别学科，而且也关乎在全球化现实之下中国文明的性质和命运问题。从这个角度来说，我们的中心附有西方高研中心所不具有的历史使命感与时代紧迫感。它的建立是一种期望的宣言。同时，我们决不希望陷于宽泛。在我们个人和群体的实质性研究之外，以及举办讲座系列、会议、研讨会、写作会和读书会之外，我们将要求每位常在教授和客座教授为研究生开一门自己“看家本领”的课程，目的是协助青年学者们在自己归属的学科之外，养成既是宽阔的跨学科、古今和中外的视野，又是集中的、前后一贯的问题意识。在这个充满交叉潮流和漩涡的知识世界中，这个研究所只可能是个小小的开端，但也许因此而更为重要。
——黄宗智，2009年1月31日
补加：我们的主要活动包括组织学术会议和学术研究、组织和编辑“实践社会科学”专著系列、以及Modern China、Rural China 和《中国乡村研究》三个学刊、定期开办 “社会、经济与法律：历史与理论”课程並推荐其他相关课程、定期遴选和资助优秀研究生做实地调查和档案研究、以及定期选择和颁发“青年学者最佳专著奖”。但我们只能推荐而不能直接开办体制内的“正式”课程、只能提倡我们的研究进路而不能像正式学院那样颁发学位。
——黄宗智，2021年10月26日